pdb-tools 对 pdb 的操作工具

一个pdb 的工具学习
更新于: 2023-02-07 14:54:13

安装

pip install pdb-tools

cheatsheet

功能代码
cif 格式转 pdb
# cif -> pdb
pdb_fromcif AF-A0A009ET65-F1-model_v4.cif > AF-A0A009ET65-F1-model_v4.pdb
pdb 转 cif 格式
# pdb -> cif
pdb_tocif AF-A0A009ET65-F1-model_v4.pdb > AF-A0A009ET65-F1-model_v4-x.cif
pdb 进行分割
# Extracts residues 1 to 10
pdb_selres -1:10 AF-A0A009ET65-F1-model_v4.pdb

参考