公司项目: openbabel 安装

这个是一个可以将 SMILES string 转化为 sdf 文件的工具

安装

下载地址: https://github.com/openbabel/openbabel/releases

# 1. 下载得到 openbabel-3.1.1-source.tar.bz2
# 2. 解压
tar zxf openbabel-3.1.1-source.tar.bz2
# 3. 同级建立目录 build
mkdir build
# 4. cmake
cd build 
cmake ../openbabel-3.1.1-source
# 5. make + install
# parallel build across 4 processors
# make这一步可以用此方案优化: make -j4
make && make install

安装好了

查看版本，并试用

安装完成的效果

将 `SMILES string` 转化为 `sdf` 文件

obabel -:"COc1ccc(cc1)n2c3c(c(n2)C(=O)N)CCN(C3=O)c4ccc(cc4)N5CCCCC5=O" -O outfile.mol2 --gen3D

将 SMILES string 转化为 mol2 文件

obabel -:"COc1ccc(cc1)n2c3c(c(n2)C(=O)N)CCN(C3=O)c4ccc(cc4)N5CCCCC5=O" -O outfile.mol2 -omol2

参考